Mac Bash Batch Download with Mac Automator 使用wget批次下載

記得之前看過一篇文章，說如何成為一個好的程序員，最重要的一點就是不斷改善自己的工作流程，今天在瞟竊（誤）學校資料庫的電子書時，一章章點實在是太好食了，所以決定嘗試使用mac terminal來解決：

    基本上，mac 因為是由unix系統發展來的，很多指令跟linux相通，少數不一樣，所以操作起來概念相同。

curl 是原本mac 下bash內建可以抓檔案的指令，但發現有時候無法抓取動態網址，而wget這linux下超好用的指令，在mac中是沒有的，所以為了解決這“蘋果缺一角”的缺憾，我們可以使用Homebrew這款套件管理系統，簡單來說，他可以輕鬆安裝packages到我們mac terminal中！

$ curl -fsSL https://raw.githubusercontent.con/Homebrew/install/master/install

安裝完Homebrew後，就可以方便地在mac treminal中直接安裝一些套件，就讓我們安裝wget吧！

$ brew install wget

這樣我們就可以開始用wget來下載檔案！喔耶！其中可以參考這邊的wget說明。

$ wget -O FILE_NAME.副檔名 網址

這樣就可以將檔案下載並且存成想要的名字和附檔，那說好的批次呢？

只要網站裡頭的下載網址有數字等等規律，只要使用{開始數字..結束數字}就可以了！

超神奇的！

＄wget http://www.crcnetbase.com/doi/pdf/10.1201/b15824-{1..15}

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R 分析初探：descriptive statistics

       果然學習必須從實作中著手，嘗試先從clinical proteomic tumor analysis consortium的癌資料，這癌症組織的蛋白體資料庫是伴隨於2005年美國癌症基因體計畫（Cancer Genetic Atlas）而產生的，目前已完成20種癌症組織的基因定序，而蛋白質體的資料目前只有卵巢、乳癌和直腸大腸癌，每組資料庫都是完全開源，大小都超過1TB以上，所以是使用實驗室的叢集電腦作為儲存以及運算的核心。

         一開始，先從分析這三個癌症的臨床資料著手，將其csv檔匯入R中，在進行簡單的process和處置，在製作圖表。從圖表的變化可以看出進步xd

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T 型人才

所謂的T型人才就是除了專業素養外，再外加設計思考以及觀察體驗的人，這是很棒的能力組成，但需要花時間培養，換句話說，是軟實力的建構。

今日老人福祉科技專題是個符合我理念的課程，將實作的概念融入，藉由團隊合作來產出產品或是服務已解決這社會的問題，這也是我們受教育的真諦啊！要有能力創造解決這世界問題的工具或是方法。

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認知失調

   老弟問我該不該辭職念研究所？這是個非常難的問題。
要給一個親愛的家人意見！


    傳統的方式就是直接告訴他你的想法，而現代的方式則是拐個彎叫你自己想，猜想這造成不少人的困擾，畢竟過多的選擇的卻是會造成人類恐慌。但令人恐慌的是當別人問你關於生涯的想法，往往也會開始思考自己的，這樣的決定好嗎？適合嗎？相信焦慮是自由的症狀，多少感覺良好了點。


   ！

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達爾文的天擇

達爾文的演化論，最重要的概念就是：群體的多樣性、競爭、天擇、適應

     很難想像一個大學城裡面有超過11所大學，從幾千萬人篩選進來的學生，這是廣州的大學城，裡頭有中山大學、華南理工大學、華南師範大學、廣州大學、廣東外語外貿大學、廣州中醫藥大學、廣東藥學院、廣東工業大學、廣州美術學院、星海音樂學院、暨南大學.....而台灣每屆只有約莫三十萬不到，且持續在下降，那種競爭的壓力很難想像，走在廣州大學城滿滿的人，都是兢兢業業地想擠往更好的生活。

     在講求平等的過度，美好的生活似乎會讓演化的速度下降，很神奇地呼應昨日授課的張典顯教授說的：『關於生物的意義，都可以套進演化來思考。』

     為了能更適應這個環境，我們需要觀察社會環境的變化，以演化出更好的天性來適應。

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re module and python regular expression

發現臺北的wifi覆蓋率非常高，在光華商場外也可以坐者上網！

今天在寫到習題：

Write a program that prints the number of times the string 'bob' occurs in s. For example, ifs = 'azcbobobegghakl', then your program should print

Number of times bob occurs is: 2

    在找尋方法時發現了所謂的re module，其功能可以用來做文本檢索和搜尋，其中在篩選的條件必須使用所謂的 regular expression這種使用metacharacter組合成的小語言，可用來幫助參數的輸入，在閱讀python documents的章節how to regular expression 時，深刻地這功能好神奇喔！搞不好可以用來寫crawler用！

    裏頭有一些有趣的function需要好好研究一番，且做一些例句來玩玩:

• re.search
• re.match
• re.findall

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恰到好處的出席比例

    隨者生活越來越忙碌，事情之間多少就會有重疊。
這時候必然會遇到參與的會議或是活動無法從頭待到晚，此時總會有許多掙扎。
怎麼讓自己能在不同會議活動之間轉圜，又兼具social禮儀。
很來發現，關鍵就是要覺得自己是不明顯的，但先跟朋友或是長官說一聲
會是比較得體的方法！

   另外，也會更注意自己講得每句話，有時候會思考比較縝密，盡量避免不得體的
論述，還有培養跟老師互動與相處的經驗。

    回到家，把在會議上有稍微交流的教授都寄個信，突破自己的害羞
反正nothing to lose，唯有自己的心魔啊！這次跟張雯老師、朱家瑩和周玉山老師
有些互動，跟博班或碩班的學長姐則較少，某一方面，還是覺得要出去看看才行
雖然這過程會花很多時間和精力！

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Writing for the future

今天最大的收穫就是能看看其他人的研究內容還有認識新的老師

中午張雯老師說的覺得很啟發，不管怎樣就是要走出舒適圈，即使去

非洲一年也比一直待在同一個地方要來得好。

除了能聽許多演講外，互動似乎是更珍貴的東西。

張俊哲老師在最後workshop的演講，非常棒！

writing for the future

附上最後一堂workshop的筆記：

呂俊毅

1. Write a long draft first

• A long draft including all data allows you to think about the structure of a paper more easily
• Some data may not fit into a story perfectly
• A good paper reads like a good story

2. What makes a good story

• An interesting discovery (why is this important?)
• Some mechanisms( how does this work?)
• Broader implication (what might this mean?)

3. Comments from other experts

• when a manuscript is almost ready for submission, send it to your friends or experts in the field for comments
• when dealing with a controversial topic, commemnts from the opposite camp are critical
• ##寄給相反學派的人相關的草稿

4. A good cover letter is important (2-5頁)

• do not copy your abstract into your cover letter
• don’t expect that editors know everything
• I like to include the historic significance of the subject in a cover letter
• what is the proper length of a cover letter?

5.  Who will be the reviewer

• identify your potential reviews in the conference
• network in the international meeting

6. How do I choose a journal?

• I don’t know what impact factors are when I was in United States
• did you read this journal before?
• I usually start from a journal whose paper quality is a bit higher than my manuscript
• 重點要去讀和了解你要投期刊

7. Respond to reviews

• always assume the referees are experts,if they don’t understand you did not communicate effectively
• try to fix or modify, even if you don’t fix in the suggested manner

8.  My paper is rejected!

•  read the editor’s decision carefully
  • example 1:
    • may be have more possibility
  • example 2:
• make sure you understand every point of the review
• set aside the paper for a few days before the next submission (even if you decide not to change anything
• try yo use the review to improve your manuscript

9. Should I rebuttal

#rebuttal: 要非常小心地看。

#寫paper就是要想吐！。

#感覺可以是一個故事。bottle line。講給別人聽。先把圖片寫好

張俊哲

Passion for Writing

•   科學寫作最大的障礙：
  • 不想寫
  • when feeling perish is more than pulish students would not like to write.
  • stress vs passion
    • working hard for something we don’t care about is called stress，working hard for something we love is called passion。
  • how can we become more passionate in writing?
    • sorry, i do not have firmed answer, but
    • the art of scientific investigation   by w.i.b. beveridge (chapter 10)
      • work
      • finish
      • publish  法拉第
    • writing is part of research
    • writing is part of doing experienment
    • on being a successful graduate student in the science  john n.thompson  近接科學研究管理
      • writing的重要性
        • the problem of writing deserves special mention. few scientists, or anyone for that matter, find writing easy.
      • 推動writing的困難
        • set aside a block of time each day and let nothing, absolutely nothing, inferrer you
        • some days, you may produce no more than a few sentences during several hours.
        • other days will be better
      • the important thing is to avoid the temptation to get up after half an hour of producing nothing
      • and go to the departmental office for some coffee or pick up something to read (dont)
      • do not let yourself succumb to the easiest cop out of all; i just do not have it today
      • keep at it. eventually you will win.
      • like NBA players, scientists have to perform in public. 金州勇士
      • writing/publishiing as performance
      • write to be remembered/ write the future

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Component Statement

python的語法裡面有一些基本表達的概念：

其中有小到大分別是expression=>statement=>compound statement=>function

而component statement主要分成四大類

    1. Conditional

      

         條件式的statement以 if 為首，常可用來當作程式裡小檢查器或是想像成

    程式執行過程中的節點及分岔，藉由不同的條件來啟動。

    2. Loops

         迴圈中以while為首，除非條件不成立，不然程式的主體會一直重複執行，

    可以用來當作是程式裡的馬達，用來處理資料，或是重複性的操作。

    3. Iterations

    4. Exception Handles

    把書中的範例拿來做練習後發現，在mac bash下執行含有function的程序

有點麻煩（python 目標程序檔案），因為無法測試，在python環境下，則要

先import scripts_file_name，之後呼叫的時候要scripts_file_name.function_name

才會有功能！

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磨一支利劍，或是打幾把鈍刀

    相信每個人都有一樣的問題，我們短短的時間，到底要磨一隻利劍

還是多打幾把鈍刀？

     其實，這是問錯了問題。重要的是怎樣的人生是我們所喜愛的

而這樣喜愛的人生需要的是一把利劍還是要很多把鈍刀才能達到，越

早設下目標，則越容易規劃，因為有限的資源：時間，可以視情勢而

做最有利的分配，不會白白浪費。但隨之而來的問題則是什麼才是我

們要的人生？

    能了解我們想要怎樣的人生，最重要的步驟便是去體驗，而非紙上

談兵的想像，想像可以作為一開始的篩選，進一步則是規劃各式各樣

能接近這個人生所會遭遇的各種情況的體驗！藉由實際的體驗，才能

知道自己在這樣的環境、壓力、生活型態下，內心是什麼感覺。

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使用Linux Command Line 下載

使用的環境為CentOS 6.5

環境centOS 6.5

- 先使用$ls -a  

    ##看目前目錄下有哪先檔案

- 使用$mkdir file_name

    ##創建一個自己的資料夾

- 可使用$mv source_name directory or $mv soirce_name change_name

    ##移動或是將資料夾改名

- cd file_name

    ##進到想要下載檔案置入的資料夾

-curl "http//......" or wget "http//...." -o file_name

基本linux指令：

  date

  ##叫出當下日期

  ## 可用＋％Y...來修改顯示格式

  cal

   ##叫出日曆

    bc

   ##叫出計算機

   ##打quit可以離開

  

   w

   ##目前系統中有誰

    write user_name 

   ##丟水球給特定的使用者

   ## command+c 離開

    vim

    ##叫出編譯器

    ## $i   進入編輯

    ## esl 返回

    ## :wq file_name儲存離開

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Linux 系統初探：Debiran 、SUSE、 Fedora

   近年來，發現“開放性”變成是一個很主流的概念。

在很多領域中，出現很多小蝦米大戰大鯨魚的故事，就是開放性使得大家都可以一起共享連

結，不管是基因定序競賽、小米手機、安卓系統、程式語言，都是越開放越容易蓬勃發展，

Linux系統也是個很好的例子，很難想像目前這樣龐大的嵌入式系統是一點點由兩千多位開發

者自發性的攻陷，而累積出來的成果。

   Linux是所謂的作業系統，就是扮演人跟硬體溝通的角色，相對於window，Linux是免費的

開源軟體，每個人都可以更新與修改這系統，換句話說，這套系統有很多版本流傳，目前主

要有三大版本：

（from the Linux Foundation）

1. Debian (ex: Ubuntu)

   這家族中，最有名的莫過於 Ubuntu，這版本專注於提供個人用戶好的體驗，所以在個人使

用者中很流行。
     

2. SUSE (ex: openSUSE)

    

3. Fedora (ex: CentOS)

    

    這系統主要是起緣於2003年 Fedora Project( 由Red Hat紅帽軟體公司擁有)，其中

CentOS 是目前在企業中很愛用的版本，適合用來建製伺服器。

   另外，Linux系統是一位芬蘭人Linus Torvalds在1991開始的一個稱作kernel operating 

system的專案。
     

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