如題，測試用
2015年12月24日 星期四
2015年10月29日 星期四
華大基因 BGI 舉辦之第十屆國際基因組會議 ICG-10
為何想去這會議
認識華大基因這個組織，是在2013年的時候，參加台灣醫學年會時，蕭勝文醫師關於NIPT(Non Invasive Prenatal Test)的報告，講到Denis Lu利用次世代定序，從母親的血液中定序出胎兒完整的序列時，蕭醫師提到次世代定序技術的同時，提到華大基因跟世界定序機器大廠Illumina買了120多台機器，一躍成為全世界有最多定序機器的公司，從那時候開始對基因體以及華大引生出濃厚的興趣，在醫院裡常常會問所跟的主治醫師這方面的訊息，但往往主治們不太在乎這個，或是不了解可能會對臨床的影響，但可以利用次世代定序從母親的血液中定序出胎兒完整的序列，這概念在我腦海中衝擊很大，便從此開始關注華大基因的新聞。很想親眼看看這個組織是如何做到的。
在出發前其實聽聞很多關於華大近期的消息，比如高層紛紛離開，想說這一趟會不會因此不值得，畢竟要投資時間在未來會出現的事物上，但百聞不如一見，就衝動地註冊了第十屆國際基因組會議ICG-10，會議主辦單位就是華大基因，地點在深圳最繁榮的福田區會展中心的香格里拉國際大酒店，旁邊咖啡店的一杯黑咖啡要價新台幣100多元，會議就舉辦在酒店裡的宴客廳，氣氛和場地都很舒適，最重要的是有免費的wifi。
關於深圳
會議所在地：深圳，其實是另一個吸引我去參加的原因，很想看看這城市的面貌，聽聞其在電子零件的製造上的地位被稱作世界工廠，實際抵達的時候，是能感受到深圳這個城市非常的具有活力，商業氣氛濃厚，但商業操作沒到很細緻的階段，整體給人一種擁擠，四處商場林立的印象，在吃晚飯的時候，仔細計算一家連鎖中式快餐店，同樣大小的店面在台灣大概只需要三位工作人員，而這邊內場外場工作人員合計竟高達15位，不難想像這邊人口密集的程度，空氣污染是另一件很嚴重的事情，尤其是去到華強北的電子商場，人滿為患，販售的電子零件數量非常多，賣手機個是零件都可以獨自成為一個櫃，有專賣插頭座、專賣螢幕保護貼等等，但賣場擁擠，眼睛因空氣刺激感到不舒服，路邊就有在賣便宜的四軸飛行器等新潮玩意，（可惜沒有太多時間去觀察，主要都花在會議的聆聽上），但幾個捷運站的會展中心，格局是世界級的，高樓大廈的建築很壯觀，空間上的規劃可以感受到是有思考過的，巨大的商業賣場消費人口驚人，另一方面，地區性消費金額差異很大，像會展中心的飲食消費就如同歐美國家，不算便宜。
會議內容
議程從10/22到25總共四天，上午的演講是plenary agenda，所以會集中在大會議廳，下午則是同步有三到五個同步議程，主題有從特別講題（國際組織廣告、研討會宣傳、華大產品發佈、華大新合作案發布、基因相關研究案的宣傳、基因定序機器或演算法相關公司或創辦人講題）、雲端運算與基因體分析、、癌症、臨床基因定序、講者有很大一部分是跟華大基因有合作關係的教授，大概30%左右的講題不太吸引人或是不精彩，有時得很努力地擠才知道要寫些什麼筆記。其中在10/24下午有安排參觀華大基因與中國基因庫的行程，主要就是搭車過去中國基因庫的施工現場和鹽田華大總部，不過大抵看到華大總部的“軍備庫”和未來中國基因庫的藍圖。中午大會有提供簡單像是三明治或米飯便當（搶不太到便當），且餐點發放的地方就是各家廠商進駐點，從Nature編輯群到各定序大廠或應用廠商，為數不多。
心得綱要
這次會議的收穫主要有幾項：
- 對於華大基因未來走向與組織的了解
（B10K、 法醫鑑定、Revolocity™ Sequencing System、BGISEQ-500、BGI online） - 基因定序技術目前趨勢
（BioNano、PacioBio、Complete Genomic、10xGenomics） - 癌症基因體學研究趨勢
（尤其利用single cell analysis在解釋cancer stem cell stemness表觀遺傳學變化的概念） - 中國目前基因體學研究的氛圍
(少部分有能力做基因體分析，但少數華大合作的案子蠻不錯) - 中國在個人雲段基因體的商業氛圍和前景
（阿里雲、Intel、華大、GeneDocK、Seven Bridge Genomics(美國)、Data4cure） - 基因體資料在倫理上的問題以及台灣基因庫的問題
- 加拿大、新加坡、北歐、英國的代謝體或是資料庫的趨勢
- 基因體在臨床上的整合問題（其實各國都有鴻溝存在）
2015年10月8日 星期四
在你踏入生技新創前一定要思考的事 Some thoughs on bioentrepreneurship
作者：Alan Walton1
general partner at Oxford Ventures(e-mail: awalton@oxbio.com).
Points to consider before quitting your day job.
在你一無反顧開始創業前要思考的
大多數我們對於創業家的印象來自於我們所遇到的人，說說我自己的經驗好了，記得我第一次遇到一位承認自己是創業家的人是在20幾年前於美國俄亥俄州克理夫蘭網球俱樂部時，在網球俱樂部中有兩個對手常常會在比賽中不守規矩，因為習慣於問問打網球的對手他們的職業，這兩位一位是醫學生，另一位則稱自己為創業家。而我就問他現在正在做些什麼呢？他說他正在“休息”等待下一次創業，那時我心想他會不會是跟黑手黨（Mafia）有關。
當我成為一名創業家時，常常會遇到其他的創業家。這些人最多的特質就是他們通常都很相信自已最終命運（de facto）會成功。其中，我許多的朋友放棄他們在大型企業高薪的工作打算自己出來創業並且靠自己累積財富。遺憾地大多數這些人賣掉他們的子、借用孩子大學教育基金、直到剩下小豬撲滿的錢而徒勞無功，更別提當初他們的夢想。一位我認識的創投家用一句話總結這樣的特質：「大多數的創業家是騙子或是瘋子」，可以確定的是他們普遍高估他們可以達到夢想的實際能力。
但假如你已經下定決定要創業或是挑戰你的夢想，那麼唯一可以糾正你的就是你實行過程中的真實生命體驗。我個人在行銷生醫專利發明、募資和觀禮公司的經驗，和關於一位理想生技創業家需具備的條件或許可以讓你用來評估你是否適合這樣的工作。
市場變化
在1980年代早期，許多生技公司的創業者都是源自於學術單位，因為他們是唯一知道什麼是生物科技的人。他們領者低薪在資源匱乏下努力募資，並且擁有他們創立的公司很大一部分的股權。
這時代背景下的生技創業家通常是商業投資者很好的標的。在1980時，我記得我第一次參與生技商業會議。我跟一位年輕的助理教授坐在同一個午餐桌，他旁邊坐了一位投資者（“finder”）聲稱手頭有很多現金。他對那位年輕的助理教授說：『我願意給你2-3百萬美元成立任何一家公司奠基在你學術研究成果上，只要公司的名稱有”基因“或是”生技“兩個字』。
雖然這種天上掉下來式的投資方式大多是場騙局，實際上商業投資者多是希望在前期在公開上市前能用越少資金投入越好，並且盡快公開上市，把市場資金匯聚後快速把投資價值拉高。在那個時代創投資金的投資回報可以在三年達到五到十倍之多，以我之前的案子為例， 初期投資者在University Genetics (UGEN)投下6萬美金在五年後回報360萬美金。這樣的投資回報率在近年來大概只會發生在最近的網路公司。不意外地，這些早期資金不足的生技公司大多沒有生存下來。在1983年，少於30％的生技公司能在初期市場募資下回報風險投資的初期投入，但到了1992年，這比率上升到超過90%。這些生存下來的公司也大多是有創投在後面提供資金。
經歷了四分之一個世紀的市場洗禮，學術界已經瞭解到他們做為在創新領域的來源之價值。如今他們已經可以面對面各種不同的市場狀況。對比於在1980早期，那時候的教授必須要離開學術界才能領導生技公司。現在你可以留在原本學術界的位子並且將技術授權（out-license）出去。這基本上對教授們在領導其創立的生技公司上沒有風險。在財務上，我還看過一些案子教授要求公司必須保有他們20%或是更高未稀釋股權不管第幾輪募資，雖然還沒看過實際上創投以這樣條件入股的。
更進一步的，許多教授或是研究人員成為像是1980年代早期的”finders“，非常積極在找尋市場機會。幾年前一位教授找我並且跟我說一個新科技創新的想法，且只是個非常前期的想法。我問他假如這科技最後研發不出來的話公司會怎麼樣，他回答：『喔，那我們會讓他到公開市場募資！』
募資上市
募資這件事絕對是生技公司中對於創業家、專業經理人或是創新者最大的考驗。在我的例子中，我放棄持有比較大的股權以保證初期公司在比較資金充足的狀況。在我離開終身職教授職位主持一家生技公司且獲得Allen&Company 26億美元研發上的資金後，第一天上班時迎接我新職位的消息便是市場不景氣，資金暫緩提供。歡迎來到真實的商業世界！！
就像其他創業家想盡辦法讓他們的公司上市，我和Bill Miles跑遍各地去找尋任何我所能找到的投資者去籌措創業的資金。我們大概在三個月裡面安排了超過兩百場一對一與可能投資人間得會面。那些沒有經歷過手頭資金只剩下一個月的人可能無法成為真正合格的創業家。其中最快樂的一天便是我們成功讓University Genetic,Inc（UGEN）上市，然後終於可以不用讓我家人繼續吃糟糕的伙食。
當你成功上市後你才能真正理解到儘管你如何努力的跟你的投資人和市場解釋，他們還是不太知道你們公司在做什麼。惠普投資銀行的Stelios Papadopoulos常常就將市場投資生技公司的行為常常就是在買樂透，因為他們不清楚自己投資的內容是什麼。舉例而言，我常常定期就會去跟我的投資人說明我們公司正在做什麼。儘管我非常努力且這樣經過了四年。有一天我的技術研發總監走進我的辦公室說我的其中一個投資者打電話來。電話裡是一個年長的婦女說他的貓死掉了，身為我們的投資者，她知道我們會繁殖動物、分裂胚胎、和基因轉殖等等，她用很請求的口吻說我們能否幫他們複製她一直保存在冰箱的死貓。
經營管理
我一開始成為創投社群的一份子之後，常常聽到我的合夥人強調“管理、管理還是管理”的重要性。這我相信到今日一就是創投的不變準則。其中一個創投的策略便是會派出管理人才參與其投資的早期新創公司。慣例上，這些創投的管理人才都是從製藥業挖角來的人才。為了吸引這些原本在企業裡的高階人才進入創投工作，他們一般都會給予非常高的薪水和薪水獎勵，且不會要求他們也拿出錢來投資這公司。
依據我的經驗，這些“厲害”的管理人才通常要花費大概一年到一年半才能清楚公司的技術實際上在做什麼。在The Venture Capital Journal中的期刊還談到這些高科技公司通常從新創團隊到上市前要經歷3.5個CEO。常常有人調侃這些創投的成功到底是選到了對的CEO還是他們在公司出現問題時開除CEO的能力。
在經營實務方面，一個成功的生技公司必須要有兩種技能的人才，第一種是找到可以成功推動公司的創業家，另一種則是能成功管理年輕公司的管理者。在我觀點下，在美國只有不超過半打的優秀生技創業家以及大約一打的“明星”管理人才。雖然找到優秀的人才對於大多數的創投來說是不容易的，但對於創投來說他們有一些優勢。第一點，他們可以選擇幫公司設計技術平台和策略，第二點，他們有較佳的財務槓桿，最後，創投不用面對說要開除創業家不適任公司這件事情。
理想的生技創業家
假如你還在閱讀這篇文章的話，代表你真的蠻想成為一位生技創業家的。我從我的經驗中提出六點是一位成功生技創業家必須具有的條件，你可以用來評估一下你自己：
1.富有強勢領導魅力且能口條清楚說明未來的計畫
沒有個人魅力及領導力的話其實是不容易吸引投資者的眼光和資金的投入，口齒清楚地說明公司的計畫也是重要的，畢竟有一天你要站在華爾街上個群中說明你的上市計劃。
2.是個非常技巧卓越的管理者
我們常常聽聞優秀的創業家或是投資者組建的團隊人才不一定是最優異的，因為保有團隊的最佳管理，相反地，一群才華洋溢的團隊常常是不好管理的。很明顯地，團隊合作技能是重要的。我們常常拒絕很多公司裏頭創立者是自我良好不易合作的人。
3.擁有此領域的關鍵知識
這是我最喜歡的一項特質。相對於公司的管理是相對容易調整的，但技術研發能力卻是不容易的。因此，近年來優秀的管理者通常有良好的技術背景且保握住公司的關鍵技術。
4.必須活力充沛且自我驅動力十足
我想我們都很羨慕那些能每週工作一百小時的人、午餐時慢跑五公里永遠精力充沛的人。這是非常清楚的創業家或是管理人特質。往往創業家都必須承擔來自投資方的高壓力。在這種高度壓力下，很多人往往會因此走偏門，修改產品報告或是製造假的銷售數據等等，很多創業家最後進入精神療養所（Minimum Security Facility）因為精神耗弱。
5.擁有良好的領導能力
在我們知道的很多領導技能中，很難說哪種領導技能是創業家最需要的。至少像是樂隊指揮（impresario）的角色多少接近一點創業家扮演的角色，在我面試許多CE0s可能人選時，我最常犯做錯的就是在與那些有顧問背景的人，他們常常在面試時令人感覺良好，主要是他們知道我想要聽什麼，但他們常常缺乏實務經驗。
6.擁有良好的過去紀錄
過去的成功不代表未來的成功，但至少是個不錯的參考，尤其是與過去有一起工作過的夥伴。有一件很重要的實情就是在一個領域的成功往往不是在另一個領域成功的需要條件。但至少這些優良記錄在募資的時候會比較順利。文章翻譯自Alan Walton,Some Thoughs on Bioentrepreneurships,Nature Biotechnology,copyright toNature Publish Group, License Number:3724610499481
2015年10月7日 星期三
Bioconductor:基因體學研究的好幫手
什麼是Bioconductor?
簡單來說，Bioconductor是一個含有936個R語言packeges的開源軟體平台，開始與2001年，其原始開發團隊大多來自於美國的Fred Hutchinson Cancer Research center，成立的目的是為了提供高通量基因體學研究資料更好的分析工具。所以假如你是一個生物領域的研究人員，那麼一定不能不知道它，雖然目前市面上有很多商業軟體，但此工具通常會有最新資料處理的工具，像最近火紅的NGS資料，就常常需要依靠它。
我們可以利用Bioconductor裡面的packages做什麼？
在今年的Nature Methods (2015). Orchestrating high-throughput genomic analysis with Bioconductor.這篇文章裡有非常詳盡的介紹，關於其中可以使用的套件以及緣起，基本上來說，Bioconductor裡頭的packages可以處理從Microarray、Image Analysis、Flow Cytometry、ChIPSeq、Gene Annotation、multiassay QC、NGS....。
該如何下手？
Bioconductor本身有個網站Bioconductor.org，裡面有非常豐富的學習資源link另外，也有書和MOOC可以入手！這邊推薦一些資源：
Book
1. Bioconductor Cases Study,2008
2. Bioinformatics and Computational Biology Solutions Using R and Bioconductor,2005,Springer
1. Bioconductor Cases Study,2008
2. Bioinformatics and Computational Biology Solutions Using R and Bioconductor,2005,Springer
如何建立一套系統性的方法學習新的東西
進入一個新的領域都是一件費力的事情，如何建立一套系統性的方法學習決定了一切！不過學習樂器、語言、技術、數學，不同學習目標間多少會有一點差異性存在，這邊嘗試以學習生醫領域新技術為主題。
第一件事情：搞清楚這件技術是在什麼脈絡下出現
不同生物技術的出現通常是為了解決某種問題，或是取代之前的方法，從源頭先把其在歷史重要性確定後，在順者其發展去了解，這部分是為了之後搜集相關文獻來閱讀時比較能有架構的找尋，關鍵字的輸入會更加的準確。
第二件事情：搜尋所有相關此技術的影片與書籍學習資源，並且評估各種資源間的優劣，選取其中一兩個為主要觀看的項目，否則知識爆炸的時代腦袋永遠不夠，謹記80/20法則的應用。其中可以善用免費資料庫，或是以intoductionary的 review文章文獻來爬梳，直接用網路搜尋其實對於想系統性學習某個領域是非常零碎的。
第三件事情：實作中串聯不同的know-how，因知識爆炸的關係，永遠學不完，所以最好是建立一個關於此技術的小project，在執行的過程中會能像是種子一樣撿起所需要的資訊，這樣最後的產出就會是知識（經過消化運用的資訊才有機會成為知識）。
第四件事情：跟人分享與討論，這與人分享和討論的過程中，可以把腦內理解的東西重新從口中詮釋一遍，在對話中就可以用對方的角度來觀看自己理解的內容是否有誤或是完整，對方也會提出問題，這問題再進一步刺激我們去學習之前沒有注意的點。
第五件事情：紀錄過程中的心得與定期整理，大量學習後，會有一段時間內自己對於所學習的項目會非常的有自信，但經過一段時間彷彿什麼都沒有看過學過的樣子，所以除了留下學習筆記外，更重要的是留下學習脈絡紀錄，這邊指得是學習過程中查找的資料、和做過的小專案等等，以及關鍵概念的敘述，這些是為了短時間內回憶，另一方面，也可用來跟別人分享！
第一件事情：搞清楚這件技術是在什麼脈絡下出現
不同生物技術的出現通常是為了解決某種問題，或是取代之前的方法，從源頭先把其在歷史重要性確定後，在順者其發展去了解，這部分是為了之後搜集相關文獻來閱讀時比較能有架構的找尋，關鍵字的輸入會更加的準確。
第二件事情：搜尋所有相關此技術的影片與書籍學習資源，並且評估各種資源間的優劣，選取其中一兩個為主要觀看的項目，否則知識爆炸的時代腦袋永遠不夠，謹記80/20法則的應用。其中可以善用免費資料庫，或是以intoductionary的 review文章文獻來爬梳，直接用網路搜尋其實對於想系統性學習某個領域是非常零碎的。
第三件事情：實作中串聯不同的know-how，因知識爆炸的關係，永遠學不完，所以最好是建立一個關於此技術的小project，在執行的過程中會能像是種子一樣撿起所需要的資訊，這樣最後的產出就會是知識（經過消化運用的資訊才有機會成為知識）。
第四件事情：跟人分享與討論，這與人分享和討論的過程中，可以把腦內理解的東西重新從口中詮釋一遍，在對話中就可以用對方的角度來觀看自己理解的內容是否有誤或是完整，對方也會提出問題，這問題再進一步刺激我們去學習之前沒有注意的點。
第五件事情：紀錄過程中的心得與定期整理，大量學習後，會有一段時間內自己對於所學習的項目會非常的有自信，但經過一段時間彷彿什麼都沒有看過學過的樣子，所以除了留下學習筆記外，更重要的是留下學習脈絡紀錄，這邊指得是學習過程中查找的資料、和做過的小專案等等，以及關鍵概念的敘述，這些是為了短時間內回憶，另一方面，也可用來跟別人分享！
2015年10月5日 星期一
工程思維角度
在不同訓練環境下成長，思維角度真的是很不同，醫學訓練本身帶有點歸納法的概念，以疾病來說，會有個大架構：流行病學＝> 病生理機制 ＝> 治療 ，但這架構是一個醫師接觸病人時的思維演進，換句話說，是一種從大到小的順序，但工程師則相反，其會從最小單位開始去分析區塊，再把他串起來，固定架構後，再添加個區域的骨肉。
單就工程師與醫師在做部落格的時候就有這種差異，工程師希望能文章架構管理清楚，時間序或是主題序排列，另一方面，醫師希望的是文章主題顯眼，且能把重要與不重要的文章以動態地在部落格中出現，雖然這種歸類有很多Bias，不過倒是蠻有趣的一種觀察。
2015年10月3日 星期六
為何我們需要prototyping
為何我們需要prototyping?
Prototyping的目的主要是儘早的驗證我們對於產品設計或是其他觀念上的測試。而我們所設計的prototyping必須要能回答我們在設計過程中的問題，而通常在prototyping的過程我們會發現從沒想過的事情！所以在打造我們的prototyping前，要記得一個很重要的觀念：“我們想要用這個prototyping來回答什麼問題？”
在prototyping中有兩種prototyping:
CEP(Critical Experience Prototype)和CFP(Critical Function Prototype) ,其中CEP是為了測試及了解使用者情境所打造的，其著重的是氛圍和體驗上的模擬，另一方面，CFP則是強調其功能上要能達到其設計的木的，而不能僅止於外型或是操作模式的程度，這樣的分類可以提供思緒上比較清楚的脈絡去摸索！
在prototyping中有兩種prototyping:
CEP(Critical Experience Prototype)和CFP(Critical Function Prototype) ,其中CEP是為了測試及了解使用者情境所打造的，其著重的是氛圍和體驗上的模擬，另一方面，CFP則是強調其功能上要能達到其設計的木的，而不能僅止於外型或是操作模式的程度，這樣的分類可以提供思緒上比較清楚的脈絡去摸索！
2015年10月2日 星期五
關於飲食
總覺得吃對一個人來說莫名的重要，尤其是進食這個過程對於疲憊心靈的補償效果
就算不是在很飢餓的狀態下，看到美食頻道的精彩料理，依舊會引起內心中的一絲絲漣漪
常在想為何很累的時候，不能就隨便吃個什麼就結束這一回合
往往在回到家前，無法自拔的開始搜尋能令人身心滿足的食物
除了面段真實的食物影像那種令人心曠神怡的效果
閱讀關於食物的文字也有些許療癒的效果
就拿我最愛的蔡瀾部落格，很簡單的文字但書寫關於食物的描述
總是能旁徵博引，吃完一個食物能帶出幾十個能相提並論的美味
這種還能攝食、還有閒時看散文的時光真是寶貴啊！
2015年9月26日 星期六
Mac Bash Batch Download with Mac Automator 使用wget批次下載
記得之前看過一篇文章，說如何成為一個好的程序員，最重要的一點就是不斷改善自己的工作流程，今天在瞟竊（誤）學校資料庫的電子書時，一章章點實在是太好食了，所以決定嘗試使用mac terminal來解決：
$ wget -O FILE_NAME.副檔名 網址
基本上，mac 因為是由unix系統發展來的，很多指令跟linux相通，少數不一樣，所以操作起來概念相同。
curl 是原本mac 下bash內建可以抓檔案的指令，但發現有時候無法抓取動態網址，而wget這linux下超好用的指令，在mac中是沒有的，所以為了解決這“蘋果缺一角”的缺憾，我們可以使用Homebrew這款套件管理系統，簡單來說，他可以輕鬆安裝packages到我們mac terminal中！
$ curl -fsSL https://raw.githubusercontent.con/Homebrew/install/master/install
安裝完Homebrew後，就可以方便地在mac treminal中直接安裝一些套件，就讓我們安裝wget吧！
$ brew install wget這樣我們就可以開始用wget來下載檔案！喔耶！其中可以參考這邊的wget說明。
$ wget -O FILE_NAME.副檔名 網址
這樣就可以將檔案下載並且存成想要的名字和附檔，那說好的批次呢？
只要網站裡頭的下載網址有數字等等規律，只要使用{開始數字..結束數字}就可以了！
超神奇的！
＄wget http://www.crcnetbase.com/doi/pdf/10.1201/b15824-{1..15}
2015年9月25日 星期五
R 分析初探：descriptive statistics
果然學習必須從實作中著手，嘗試先從clinical proteomic tumor analysis consortium的癌資料，這癌症組織的蛋白體資料庫是伴隨於2005年美國癌症基因體計畫（Cancer Genetic Atlas）而產生的，目前已完成20種癌症組織的基因定序，而蛋白質體的資料目前只有卵巢、乳癌和直腸大腸癌，每組資料庫都是完全開源，大小都超過1TB以上，所以是使用實驗室的叢集電腦作為儲存以及運算的核心。
一開始，先從分析這三個癌症的臨床資料著手，將其csv檔匯入R中，在進行簡單的process和處置，在製作圖表。從圖表的變化可以看出進步xd
2015年9月18日 星期五
2015年9月17日 星期四
2015年9月15日 星期二
達爾文的天擇
達爾文的演化論，最重要的概念就是：群體的多樣性、競爭、天擇、適應
在講求平等的過度，美好的生活似乎會讓演化的速度下降，很神奇地呼應昨日授課的張典顯教授說的：『關於生物的意義，都可以套進演化來思考。』
為了能更適應這個環境，我們需要觀察社會環境的變化，以演化出更好的天性來適應。
為了能更適應這個環境，我們需要觀察社會環境的變化，以演化出更好的天性來適應。
2015年9月9日 星期三
re module and python regular expression
發現臺北的wifi覆蓋率非常高，在光華商場外也可以坐者上網！
今天在寫到習題：
今天在寫到習題：
Write a program that prints the number of times the string
'bob' occurs in s. For example, ifs = 'azcbobobegghakl', then your program should printNumber of times bob occurs is: 2
在找尋方法時發現了所謂的re module，其功能可以用來做文本檢索和搜尋，其中在篩選的條件必須使用所謂的 regular expression這種使用metacharacter組合成的小語言，可用來幫助參數的輸入，在閱讀python documents的章節how to regular expression 時，深刻地這功能好神奇喔！搞不好可以用來寫crawler用！
裏頭有一些有趣的function需要好好研究一番，且做一些例句來玩玩:
- re.search
- re.match
- re.findall
2015年9月7日 星期一
恰到好處的出席比例
隨者生活越來越忙碌，事情之間多少就會有重疊。
這時候必然會遇到參與的會議或是活動無法從頭待到晚，此時總會有許多掙扎。
怎麼讓自己能在不同會議活動之間轉圜，又兼具social禮儀。
很來發現，關鍵就是要覺得自己是不明顯的，但先跟朋友或是長官說一聲
會是比較得體的方法！
另外，也會更注意自己講得每句話，有時候會思考比較縝密，盡量避免不得體的
論述，還有培養跟老師互動與相處的經驗。
回到家，把在會議上有稍微交流的教授都寄個信，突破自己的害羞
反正nothing to lose，唯有自己的心魔啊！這次跟張雯老師、朱家瑩和周玉山老師
有些互動，跟博班或碩班的學長姐則較少，某一方面，還是覺得要出去看看才行
雖然這過程會花很多時間和精力！
這時候必然會遇到參與的會議或是活動無法從頭待到晚，此時總會有許多掙扎。
怎麼讓自己能在不同會議活動之間轉圜，又兼具social禮儀。
很來發現，關鍵就是要覺得自己是不明顯的，但先跟朋友或是長官說一聲
會是比較得體的方法！
另外，也會更注意自己講得每句話，有時候會思考比較縝密，盡量避免不得體的
論述，還有培養跟老師互動與相處的經驗。
回到家，把在會議上有稍微交流的教授都寄個信，突破自己的害羞
反正nothing to lose，唯有自己的心魔啊！這次跟張雯老師、朱家瑩和周玉山老師
有些互動，跟博班或碩班的學長姐則較少，某一方面，還是覺得要出去看看才行
雖然這過程會花很多時間和精力！
2015年9月6日 星期日
Writing for the future
今天最大的收穫就是能看看其他人的研究內容還有認識新的老師
中午張雯老師說的覺得很啟發，不管怎樣就是要走出舒適圈，即使去
非洲一年也比一直待在同一個地方要來得好。
除了能聽許多演講外，互動似乎是更珍貴的東西。
張俊哲老師在最後workshop的演講，非常棒！
writing for the future
附上最後一堂workshop的筆記：
中午張雯老師說的覺得很啟發，不管怎樣就是要走出舒適圈，即使去
非洲一年也比一直待在同一個地方要來得好。
除了能聽許多演講外，互動似乎是更珍貴的東西。
張俊哲老師在最後workshop的演講，非常棒！
writing for the future
附上最後一堂workshop的筆記：
呂俊毅
1. Write a long draft first
- A long draft including all data allows you to think about the structure of a paper more easily
- Some data may not fit into a story perfectly
- A good paper reads like a good story
2. What makes a good story
- An interesting discovery (why is this important?)
- Some mechanisms( how does this work?)
- Broader implication (what might this mean?)
3. Comments from other experts
- when a manuscript is almost ready for submission, send it to your friends or experts in the field for comments
- when dealing with a controversial topic, commemnts from the opposite camp are critical
- ##寄給相反學派的人相關的草稿
4. A good cover letter is important (2-5頁)
- do not copy your abstract into your cover letter
- don’t expect that editors know everything
- I like to include the historic significance of the subject in a cover letter
- what is the proper length of a cover letter?
5. Who will be the reviewer
- identify your potential reviews in the conference
- network in the international meeting
6. How do I choose a journal?
- I don’t know what impact factors are when I was in United States
- did you read this journal before?
- I usually start from a journal whose paper quality is a bit higher than my manuscript
- 重點要去讀和了解你要投期刊
7. Respond to reviews
- always assume the referees are experts,if they don’t understand you did not communicate effectively
- try to fix or modify, even if you don’t fix in the suggested manner
8. My paper is rejected!
- read the editor’s decision carefully
- example 1:
- may be have more possibility
- example 2:
- example 1:
- make sure you understand every point of the review
- set aside the paper for a few days before the next submission (even if you decide not to change anything
- try yo use the review to improve your manuscript
9. Should I rebuttal
#rebuttal: 要非常小心地看。
#寫paper就是要想吐！。
#感覺可以是一個故事。bottle line。講給別人聽。先把圖片寫好
張俊哲
Passion for Writing
- 科學寫作最大的障礙：
- 不想寫
- when feeling perish is more than pulish students would not like to write.
- stress vs passion
- working hard for something we don’t care about is called stress，working hard for something we love is called passion。
- how can we become more passionate in writing?
- sorry, i do not have firmed answer, but
- the art of scientific investigation by w.i.b. beveridge (chapter 10)
- work
- finish
- publish 法拉第
- writing is part of research
- writing is part of doing experienment
- on being a successful graduate student in the science john n.thompson 近接科學研究管理
- writing的重要性
- the problem of writing deserves special mention. few scientists, or anyone for that matter, find writing easy.
- 推動writing的困難
- set aside a block of time each day and let nothing, absolutely nothing, inferrer you
- some days, you may produce no more than a few sentences during several hours.
- other days will be better
- the important thing is to avoid the temptation to get up after half an hour of producing nothing
- and go to the departmental office for some coffee or pick up something to read (dont)
- do not let yourself succumb to the easiest cop out of all; i just do not have it today
- keep at it. eventually you will win.
- like NBA players, scientists have to perform in public. 金州勇士
- writing/publishiing as performance
- write to be remembered/ write the future
- writing的重要性
2015年9月5日 星期六
Component Statement
python的語法裡面有一些基本表達的概念：
其中有小到大分別是expression=>statement=>compound statement=>function
而component statement主要分成四大類
1. Conditional
條件式的statement以 if 為首，常可用來當作程式裡小檢查器或是想像成
程式執行過程中的節點及分岔，藉由不同的條件來啟動。
2. Loops
迴圈中以while為首，除非條件不成立，不然程式的主體會一直重複執行，
可以用來當作是程式裡的馬達，用來處理資料，或是重複性的操作。
3. Iterations
4. Exception Handles
把書中的範例拿來做練習後發現，在mac bash下執行含有function的程序
有點麻煩（python 目標程序檔案），因為無法測試，在python環境下，則要
先import scripts_file_name，之後呼叫的時候要scripts_file_name.function_name
才會有功能！
磨一支利劍，或是打幾把鈍刀
相信每個人都有一樣的問題，我們短短的時間，到底要磨一隻利劍
還是多打幾把鈍刀？
其實，這是問錯了問題。重要的是怎樣的人生是我們所喜愛的
而這樣喜愛的人生需要的是一把利劍還是要很多把鈍刀才能達到，越
早設下目標，則越容易規劃，因為有限的資源：時間，可以視情勢而
做最有利的分配，不會白白浪費。但隨之而來的問題則是什麼才是我
們要的人生？
能了解我們想要怎樣的人生，最重要的步驟便是去體驗，而非紙上
談兵的想像，想像可以作為一開始的篩選，進一步則是規劃各式各樣
能接近這個人生所會遭遇的各種情況的體驗！藉由實際的體驗，才能
知道自己在這樣的環境、壓力、生活型態下，內心是什麼感覺。
2015年9月4日 星期五
使用Linux Command Line 下載
使用的環境為CentOS 6.5
環境centOS 6.5
- 先使用$ls -a
##看目前目錄下有哪先檔案
- 使用$mkdir file_name
##創建一個自己的資料夾
- 可使用$mv source_name directory or $mv soirce_name change_name
##移動或是將資料夾改名
- cd file_name
##進到想要下載檔案置入的資料夾
-curl "http//......" or wget "http//...." -o file_name
基本linux指令：
date
##叫出當下日期
## 可用＋％Y...來修改顯示格式
cal
##叫出日曆
bc
##叫出計算機
##打quit可以離開
w
##目前系統中有誰
write user_name
##丟水球給特定的使用者
## command+c 離開
vim
##叫出編譯器
## $i 進入編輯
## esl 返回
## :wq file_name儲存離開
2015年9月3日 星期四
Linux 系統初探：Debiran 、SUSE、 Fedora
近年來，發現“開放性”變成是一個很主流的概念。
在很多領域中，出現很多小蝦米大戰大鯨魚的故事，就是開放性使得大家都可以一起共享連
結，不管是基因定序競賽、小米手機、安卓系統、程式語言，都是越開放越容易蓬勃發展，
Linux系統也是個很好的例子，很難想像目前這樣龐大的嵌入式系統是一點點由兩千多位開發
者自發性的攻陷，而累積出來的成果。
Linux是所謂的作業系統，就是扮演人跟硬體溝通的角色，相對於window，Linux是免費的
開源軟體，每個人都可以更新與修改這系統，換句話說，這套系統有很多版本流傳，目前主
要有三大版本：
在很多領域中，出現很多小蝦米大戰大鯨魚的故事，就是開放性使得大家都可以一起共享連
結，不管是基因定序競賽、小米手機、安卓系統、程式語言，都是越開放越容易蓬勃發展，
Linux系統也是個很好的例子，很難想像目前這樣龐大的嵌入式系統是一點點由兩千多位開發
者自發性的攻陷，而累積出來的成果。
Linux是所謂的作業系統，就是扮演人跟硬體溝通的角色，相對於window，Linux是免費的
開源軟體，每個人都可以更新與修改這系統，換句話說，這套系統有很多版本流傳，目前主
要有三大版本：
（from the Linux Foundation）
1. Debian (ex: Ubuntu)
這家族中，最有名的莫過於 Ubuntu，這版本專注於提供個人用戶好的體驗，所以在個人使
用者中很流行。
2. SUSE (ex: openSUSE)
3. Fedora (ex: CentOS)
這系統主要是起緣於2003年 Fedora Project( 由Red Hat紅帽軟體公司擁有)，其中
CentOS 是目前在企業中很愛用的版本，適合用來建製伺服器。
另外，Linux系統是一位芬蘭人Linus Torvalds在1991開始的一個稱作kernel operating
system的專案。
2015年7月11日 星期六
7/11 書報晨讀
創業相關新聞
百人pitch x 創新馬拉松
這是 Mobilehero 多年來舉辦的活動進化版, 雜合各式工程人員, 要是加入有unmet need 需求的人, 應該會有很棒的結果, 明年可以來專注一下！
醫療照護相關新聞：
- 手術保險, 因達文西等等新技術的出現, 開始改變其策略
- 失智症照護, 明年開始推行認證考試： 現行照顧服務員由個別醫院,機構和協會培訓, 水準不一, 台灣整合照護協會主任台北榮總高齡醫學中心主任陳亮恭指出其將和台中市衛生局合作, 於明年七月舉辦首屆失智症照護認證考試（其說目前尚缺4萬名照護人員, 台灣約23萬名患者=>可能要在搜尋實際需要照護的人力, 以及一人可 以提供多少照護來進階分析, 比較能明顯知道缺口多大）
- 長照保險法法案目前對於如何給付尚未清楚, 對於偏鄉來說, 其沒有結合服務, 可能效益不大, 目前非都會區的失智症盛行率為14%, 是都會區兩倍以上, 目前屏東基督教醫院採用與7-11連鎖企業合作, 提出‘輕鬆顧, 自在老, 高齡服務計畫’,由門市到社區提供失智症友善照護平台, 其細部方案為: 基層醫療人員專業培訓, 好鄰居健康教室, 健康量測, 失智症照顧喘息服務, 創新高齡服務中心.
BOLD : How To Go Big, Create Wealth And Impact The World
This book was wrote by the Peter H. Diamonds. It talk about the exponential technology and mindset about how to impact the world with these emerging technologies.
In the beginning, it introduce the concept of exponential think and exponential technology from the history of some technology change. By reviewing the history of tech change such as internet, camera, memory, the world move faster than we think. And this change was exponential, which contain 6 D's: Digitalized, Deceptive, Disruptive, Demonetize, Dematerialize, Democratize.( It's the most value concepts in this book)
In the beginning, it introduce the concept of exponential think and exponential technology from the history of some technology change. By reviewing the history of tech change such as internet, camera, memory, the world move faster than we think. And this change was exponential, which contain 6 D's: Digitalized, Deceptive, Disruptive, Demonetize, Dematerialize, Democratize.( It's the most value concepts in this book)
2015年7月10日 星期五
A Five Days Journey Into A Great Group
Hopefully, it turned out to be a worthy try.
During the workshop, We had gathering a team with a medical device businessman, a student majoring engineer, a graphic designer, three doctors and one student major management.
I had picked up several insights about organizing and teamwork during this short Hackathon.
1.To make a active social interaction begin with trading information
Sometime, I really felt tired to get social interaction in certain situation. It takes times and lots of "meaningful" words. But according to my experience, the more you hurry to talk ""something great" about what other think, the more the things work out the different ways.
It seems that it's not a good idea to "talk deep before you know the guy".
This time, I found a way of social acting to a new friend. Choose one seems to be willing to talk. Maybe the fist step to know a new guy is not to talk to he/she. In the another way, to observe the people you are interesting is the first step to know he/she. Then, a great talk begin with discussion or exchange the information connected between you.
With a great beginning of friendship, it will be more smoothly for a deeper interaction. And in my opinion, the timing of talking deep is more important than the content you want to talk, and always not to early.
2. To recognize the person's ability
Only when you work with the person in front of you, you really know what he/she get. There are too many people like to talk big. The reason why they talk big is not rather intentional but due to lack of the "really experience". So, lots of their talk based on the obscure observation and blurred vision.
But they are not definitely lack of ability. they need a guide and lead instead.
3. To share the information you get to the people who need it
It feel good to share something to other. But I often has a mistake sharing the wrong guy who are not interesting in the things you shared. It's a waste of time talk to the wrong guy. But it make a big different when you share the right guy who will return you some great insights.
2015年7月1日 星期三
the Adventure from the Declarative world to a Imperative world
最近開始立定目標要開始學習computing, 因為接下來的兩年, 會以增加研究能力為導向努力,而如何應用電腦科學是一個很重要的關鍵。
目前學習起來蠻有興趣的,或者說這是我希望的知識架構, 對比於以前學習的東西, 就是從Declarative Knowledge為圭臬的領域轉換到一個Imperative Knowledge的世界, 兩者其實都有其邏輯存在。
目前學習的主軸是以：
Head First Python 為主
Edx的課程Introduction to Computer Science and Programming Using Python為輔
希望能搭配一些基本數學的平行學習,目前是覺得線性代數會有幫助
目前學習起來蠻有興趣的,或者說這是我希望的知識架構, 對比於以前學習的東西, 就是從Declarative Knowledge為圭臬的領域轉換到一個Imperative Knowledge的世界, 兩者其實都有其邏輯存在。
目前學習的主軸是以：
Head First Python 為主
Edx的課程Introduction to Computer Science and Programming Using Python為輔
希望能搭配一些基本數學的平行學習,目前是覺得線性代數會有幫助
2015年3月25日 星期三
2015年3月16日 星期一
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