2015年10月7日 星期三

Bioconductor:基因體學研究的好幫手

什麼是Bioconductor?
簡單來說,Bioconductor是一個含有936個R語言packeges的開源軟體平台,開始與2001年,其原始開發團隊大多來自於美國的Fred Hutchinson Cancer Research center,成立的目的是為了提供高通量基因體學研究資料更好的分析工具。所以假如你是一個生物領域的研究人員,那麼一定不能不知道它,雖然目前市面上有很多商業軟體,但此工具通常會有最新資料處理的工具,像最近火紅的NGS資料,就常常需要依靠它。
我們可以利用Bioconductor裡面的packages做什麼?
在今年的Nature Methods (2015). Orchestrating high-throughput genomic analysis with Bioconductor.這篇文章裡有非常詳盡的介紹,關於其中可以使用的套件以及緣起,基本上來說,Bioconductor裡頭的packages可以處理從Microarray、Image Analysis、Flow Cytometry、ChIPSeq、Gene Annotation、multiassay QC、NGS....。
該如何下手?
Bioconductor本身有個網站Bioconductor.org,裡面有非常豐富的學習資源link另外,也有書和MOOC可以入手!這邊推薦一些資源:
Book
1. Bioconductor Cases Study,2008
2. Bioinformatics and Computational Biology Solutions Using R and Bioconductor,2005,Springer
Online Material
1.PH525x series - Biomedical Data Science link
2.Bioconductor for Genomic Data Science link

0 意見 :

張貼留言